ну, так у вас введена система грейдов, как я понимаю. Достаточно в самом ШР указать, кто какому уровню/категории соответствует. Или ввести дополнительные надбавки за уровено профессионализма. т.е., в ШР у вас будет графа оклад, и графа - персональная надбавка. оклады у всех равыне, а надбавки могут быть и разные. Подробно всю систему/мсетку надбавок обычно прописываюти в Положении об оплате труда и премировании.
должность не нужная обычно просто удаляется при утверждении ШР. Можно отдельно издать приказ: с целью оптимизации штатной численности вывести из ШР вакантную должность младшего дворника с 01.01.2009г.
этого будет достаточно.