Вы уточните в МФЦ, конечно, но я думаю, что причина отказа может быть по этой норме, которая есть в СоцКодексе:
Статья 14. Категории лиц, в отношении которых устанавливаются меры социальной поддержки и дополнительная мера социальной поддержки
Дополнительная мера социальной поддержки предоставляется детям, имеющим место жительства или место пребывания в Санкт-Петербурге, при передаче на усыновление (удочерение), под опеку или попечительство, в приемную семью.
ИМЕЮЩИМ МЕСТО ЖИТЕЛЬСТВА ИЛИ ПРЕБЫВАНИЯ в СПБ при передаче на усыновление
6. Решение суда об усыновлении, либо акт органа опеки и попечительства об установлении над ребенком опеки или попечительства (выданный не в Санкт‑Петербурге).
"Выданный" относится к Акту, а не к решению,если буквально.
В принципе есть вариант,что ребенку нужно быть прописанным в Спб на момент подачи документов на пособие, а не на момент усыновления. Обратитесь в МФЦ за разъяснениями.