Институт включает:
дирекцию (аналог деканата),
кафедры,
лаборатории, центры и др.
До 31.12.2012 факультеты и институты могут вносить дополнительные предложения об изменении своей структуры.
Кафедры, лаборатории, центры и др. подразделения переходят в состав институтов без изменений (в составе на 01.01.2013). Должности, профиль и условия работы кафедр, отдельных преподавателей и сотрудников не меняются.
Ликвидируются должности деканов факультетов, вводятся должности директоров институтов.
Исполняющие обязанности директоров институтов проведут корректировку штатов, с учетом изменений в организации учебного и научного процессов, до конца учебного года.
Структура института машиностроения («ЛМЗ-ВТУЗ») сформируется в течение учебного года к 01.09.2013.
Университетский политехнический колледж представлен как самостоятельная структура.
Инженерно-строительный институт
Водохозяйственное и гидротехническое строительство.
Гражданское строительство и прикладная экология
Строительство уникальных зданий и сооружений.
Строительная механика и строительные конструкции.
Сопротивление материалов.
Гидравлика.
Институт энергетики и транспортных систем
Теоретические основы теплотехники.
Теоретические основы электротехники.
Отделение "Электромеханика"
Электрические станции и автоматизация энергетических систем.
Электрические системы и сети.
Техника высоких напряжений, электроизоляционная и кабельная техника.
Электрические машины.
Электротехника и электроэнергетика.
Отделение "Энергомашиностроение"
Атомная и тепловая энергетика.
Гидромашиностроение.
Реакторо- и парогенераторостроение.
Турбинные двигатели и установки.
Компрессорная, вакуумная и холодильная техника.
Двигатели внутреннего сгорания.
Колесные и гусеничные машины.
Институт металлургии, машиностроения и транспорта
Машиноведение и основы конструирования;
Теория механизмов и машин.
Общая и неорганическая химия.
Технология конструкционных материалов и материаловедение.
Инженерная графика и дизайн.
Отделение:"Технология материалов"
Металлургические технологии.
Материаловедение, пластическая и термическая обработка материалов.
Сварка и лазерные технологии.
Физико-химия и технологии микросистемной техники.
Материалы, технологии и оборудование литейного производства.
Функциональные материалы и технологии (кафедра при ЦНИИ «Прометей»).
Отделение "Технология машиностроения"
Технология машиностроения;
Станкостроение.
Машины и технология обработки металлов давлением.
Транспортные и технологические системы.
Оборудование и технологии полиграфического производства.
Конструкторско-технологические инновации.
Компьютерные технологии в машиностроении.
Автоматы
Мехатроника и роботостроение (кафедра при ЦНИИРТК).
Институт физики, нанотехнологий и телекоммуникаций
Отделение "Физика и нанотехнологии"
Физика плазмы.
Космические исследования.
Физика и технология наноструктур.
Экспериментальная ядерная физика.
Экспериментальная физика.
Теоретическая физика.
Отделение "Электроника и телекоммуникации"
Квантовая электроника.
Физика полупроводников и наноэлектроники.
Радиофизика.
Физическая электроника.
Радиотехника и телекоммуникация.
Радиоэлектронные средства защиты информации.
Интегральная электроника.
Отделение "Медицинская физика и биоинженерия"
Биофизика.
Физико-химические основы медицины и реабилитационные биотехнические системы и оборудование.
Физико-химическая биология клетки и медицинские технологии.
Институт информационных технологий и управления
Компьютерные системы и программные технологии.
Распределенные вычисления и компьютерные сети.
Измерительные информационные технологии.
Информационные и управляющие системы.
Компьютерные интеллектуальные технологии.
Системы и технологии управления
Системный анализ и управление.
Интеллектуальные системы автоматизации (кафедра при институте информатики и автоматизации РАН).
Корабельные информационно-управляющие системы (кафедра при НПО «Аврора»).
Управление проектами.
Информационной безопасности компьютерных систем.
Институт прикладной математики и механики
Прикладная математика.
Прикладная механика.
Гидроаэродинамика.
Телематика и математическое обеспечение высокопроизводительных вычислений.
Высшая математика.
Теоретическая механика.
Математическая физика.
Инженерно-экономический институт
Отделение "Экономика и менеджмент"
Экономика и менеджмент в машиностроении.
Экономика и менеджмент недвижимости и технологий.
Экономика и менеджмент в энергетике и природопользовании.
Стратегический менеджмент.
Информационные системы в экономике и менеджменте.
Предпринимательство и коммерция.
Мировая и региональная экономика.
Финансы и денежное обращение.
Отделение "Международная высшая школа управления"
Международный бизнес.
Международные экономические отношения.
Отделени:"Ггосударственное управление"
Государственное и муниципальное управление.
Национальная безопасность.
Институт гуманитарного образования
Отделение "Гуманитарное образование"
Инженерная педагогика и психология.
Социально-политические технологии.
Политическая экономия.
Философия.
История.
Физическое воспитание.
Юридическое отделение
Теории государства и права.
Уголовного права и криминологии.
Конституционного и муниципального права.
Гражданского и международного права.
Институт военного образования и безопасности
Управление и защита в чрезвычайных ситуациях.
Безопасность жизнедеятельности.
Экстремальные процессы в материалах и взрывобезопасность.
Военный факультет
Военно-воздушные силы.
Автомобильные войска.
Связь.
Институт прикладной лингвистики
Лингводидактика и перевод.
Лингвистика и межкультурная коммуникация.
Английский язык для технических направлений подготовки.
Английский язык для физических направлений подготовки.
Романо-германские языки.
Русский язык.
Институт международных образовательных программ
Международные отношения.
Управление международным сотрудничеством.
Отделение "Ппредвузовская подготовка иностранных граждан".
Математика и естественно-научные дисциплины для иностранных граждан.
Русский язык как иностранный.
Физическая культура и адаптация иностранных граждан.
Институт машиностроения («ЛМЗ-ВТУЗ»)
Автоматизированное проектирование технологических машин и комплексов.
Технологические машины и комплексы заготовительного производства.
Экономика и менеджмент в энергетическом машиностроении.
Автоматизация технологических комплексов и процессов.
Технологические машины и оборудование автоматизированных производств.
Машины и оборудование энерготехнологических комплексов.
Университетский политехнический колледж,
включая Лицей
Малый политехнический институт