Выдача целевых направлений в медицинские ВУЗы всегда осуществляется в одном месте - комитете здравоохранения, куда Вы отнесёте свой пакет документов. Т.е. Вы хотите отнести два пакета в один и тот же комитет здравоохранения. Любопытно - дадут ли Вам два целевых направления...
Но воспользоваться Вы сможете только одним,т.к. конкурс по целевым направлениям производится одновременно во всех ВУЗах и, чтобы в нём участвовать, нужно вместе с целевым направлением сдать подлинник аттестата.
Так Вы можете позвонить в комитет и спросить. Телефон внизу.