можете не переживать, вычет обязаны одобрить на всю сумму расходов, указанную в справке из клиники
а вот выдаст ли вам клиника справку на те суммы, на которые утеряны чеки - вопрос. хотя это просто наглость со стороны клиники будет, если не выдаст.
по поводу договоров вообще можно не волноваться: во-первых, вычет одобряют без них и они нужны только вам, а во-вторых, если вы свой экземпляр утеряли, то всегда можете запросить в клинике копию их экземпляра.