Скорее всего, это невозможно. Речь идёт о регистрации "постоянного места жительства", то есть процесс распространяется только на резидентов Эстонии. При первичном получении ВНЖ, пока ты еще не резидент, делается отдельная бумага, типа "обязательство регистрации", с подтверждением собственника жилья.
Думаю, от собственника такой и не потребуют, это в общем-то не самый строгий пункт во всей процедуре) Они просто хотят убедиться, что заявителю будет, где жить, а раз уже есть недвижимость в собственности, то смысл...