мы тоже летим через Эстонию, но летите то вы в Грецию - все документы предоставляете. Всегда было правило такое, что оформлять надо визу в страну, где планируете дольше находиться. Если по маршруту получается, что во всех странах поездки примерно одинаково находитесь, то тогда оформляете в страну первого въезда.