В любом случае если работодатель отправил вас в отпуск за свой счет - у него должно быть основание - или ваше заявление или приказ руководства, на котором стоит ваша подпись о том, что вы с ним ознакомлены.
Бухгалтеру проще пересдать отчетность - т.к. начислений нет, изменится только численность работников.