Если работник согласен на изменения условий, то никаких "подводных камней" нет.
В принципе, все что они хотят прописать в условиях оплаты по договору ГПХ, можно сделать и в рамках трудового договора, оформив доп. соглашение.
Могут быть сложности, если вы не единственный специалист в штате, работающий на данной должности, т.к. по ТК работодатель обязан устанавливать равную оплату за равный труд.
Но и в этом случае можно найти выход вполне законный.