Очень мало информации: что за льготная пенсия? что за учреждение, которое содержало крупное предприятие? Видимо, ваше учреждение не зарегистрировали в ПФ по льготному стажу (вредные условия труда или медицина или выслуга лет в силовых структурах?) Запись в трудовой книжке не является "основанием того, что данное учреждение действительно существовало". Если документы не сдали в архив, то ищите концы на "крупном предприятии".