разница принципиальная, однако!
Работа по агентсткому договору не регулируетс Трудовым кодексом. Соответственно, запись в трудовую книжку и не должны вносить. Это же относиться ко всем договорам гражданско-правового характера - договор подряда, договор возмездного оказания услуг и т.д.