Ключевое отличие SEO от КР состоит в том, куда вкладываете деньги. SEO - все вложения в свой любимый сайт. КР - просто отдаете деньги Яндексу. При этом сайт никак не улучшается. Сравнивать напрямую одно с другим нельзя. Все равно, что сравнивать что лучше, попить или поесть. Все зависит от того, что вам надо утолить - жажду или голод. При этом они связаны. Например, если запускать КР на страницу, которая не соответствует критериям SEO в части оптимизации с учетом поведенческих факторов, то все деньги на КР считайте слили. Или, например, скорость открытия сайта зашкаливает, тоже будет влиять на итоговый результат КР. Ну и т.д. У КР - быстрый пуск, но и стоп тоже мгновенный. У SEO старт растянут во времени, но зато охват ключевиков больше (КР эффективнее давать по запросам горячих клиентов) и стоп тоже растянут по времени. В общем все зависит от задачи, которую надо решить, к ней уже подбирать инструмент.