Здравствуйте! Нотариус прав. Вы с сестрой приняли часть наследства мамы, следовательно, приняли все наследство (ч. 2 ст. 1152 ГК РФ). Наследство мамы состоит в том числе из имущества, приобретенного в браке и являющегося совместно нажитым с папой ( ст. 34 СК РФ) . На часть наследства (доля в квартире) вам были выданы свидетельства о праве на наследство. На оставшуюся часть наследства (супружеская доля мамы в остальном совместно нажитом имуществе) вами свидетельства о праве на наследство получены не были. Следовательно, нужно сначала получить свидетельства о праве на оставшееся наследство мамы, а затем - на наследство папы. И соответственно, заплатить за выдачу свидетельств о наследовании оставшегося имущества мамы и имущества папы.