Я для верности звонила в свою соц. защиту и уточняла, надо ли форму 9 и справку из школы.
Если школьник учится в СПб, то, сказали, не обязательна справка, сами ее получают через межведомственное взаимодействие. А форма 9 нужна лишь в том случае, если Вашего дома нет в их базе. Они тут же проверили, сказали, что всё ок, форма 9 не нужна. Так что, возможно, дело именно в ней у Вас? (если, конечно, остальное всё прикладывали - скан паспорта, 3 свидетельства о рождении).
А через МФЦ могут точно так же завернуть, если не принесёте форму 9 или ещё что-то. Заранее лучше узнайте.